山东大学人文社科期刊社内部设立《山东大学学报（哲学社会科学版）》编辑部、《新文科理论与实践》编辑部以及综合服务中心三个部门。

《山东大学学报（哲学社会科学版）》编辑部：全面负责《山东大学学报（哲学社会科学版）》的建设、管理、审稿、编辑等工作，对刊物的政治、学术、出版质量等负责。

《新文科理论与实践》编辑部：全面负责《新文科理论与实践》的建设、管理、审稿、编辑等工作，对刊物的政治、学术、出版质量等负责。

综合服务中心：负责期刊社综合管理服务工作；统一负责上述三本期刊的出版发行工作；加强阵地建设和管理，协助社领导做好期刊意识形态管理等工作，把好政治导向关；加强制度建设，负责全校人文社科期刊编校和学术质量提升的管理与服务，对各期刊编校质量进行监督审查和抽检；落实强刊建设有关要求，建设和运营期刊数字化平台、编校印发集成平台、国际化发展平台和学术论坛平台，为全校人文社科期刊提供编务、数字化、国际化、宣传推广等服务，助力打造高品质哲学社会科学期刊群。